Καλησπέρα,
η δεύτερη μέθοδος προσφέρει μεγαλύτερη ασφάλεια, αφού επιπλέον από την ασφάλεια του καναλιού ελέγχεται και το ίδιο SOAP μήνυμα, πράγμα το οποίο ζητάς και εσύ (client authentication) όπως μπορείς να δεις και στο msdn. Το γιατί δε σου έπαιξε το πρώτο, δε μπορώ να το ξέρω χωρίς να έχω δει τα config σου, αλλά δε καλύπτει 100% τις απαιτήσεις σου.
Για το δεύτερο θέμα είναι προτιμότερο να χρησιμοποεις το certificate store. Ωστόσω μπορείς να ρίξεις μια ματιά στο παρακάτω σύνδεσμο
Γιώργος Σακαλής