Αυτό που λες δεν υπάρχει και δεν παίζει - να αντικαθίσταται δηλαδή από μόνη της μία εφαρμογή. Το λιγότερο, από τη στιγμή που εκτελείται η εφαρμογή, δεν μπορείς να αντικαταστήσεις τα binaries της.
Αν έχεις φτιάξει Installer, αυτό που κατεβάζεις είναι ο installer και τον εκτελείς άμεσα. Αυτός θα αναλάβει να κάνει upgrade την εφαρμογή. Είναι ο τρόπος που χρησιμοποιούν σχεδόν όλοι.
Αν από την άλλη όλοι οι clients σου είναι στο ίδιο δίκτυο, μπορείς να φτιάξεις ορίσεις ότι η εφαρμογή σου θα χρησιμοποιεί το ClickOnce. Είναι μία δυνατότητα του .NET με την οποία δημιουργείται ένα manifest με τα αρχεία της εφαρμογής και τη version τους. Όταν ο χρήστης εκτελεί την εφαρμογή, το .NET κοιτάζει πρώτα να δει αν έχουν αλλάξει τα versions και αν έχουν, κατεβάζει τα καινούρια. Το αρνητικό είναι ότι αυτός ο έλεγχος γίνεται πάντα και πιθανώς να είναι αργός σε περιβάλλον Internet.
Παναγιώτης Καναβός, Freelancer
Twitter: http://www.twitter.com/pkanavos