Μετά από αρκετό googling...

Enterprise Library 3.0 Visual Studio

σχετικό οδηγό μπορείτε να δείτε
http://www.pnpguidance.net/Post/EnterpriseLibrary3VisualStudioIntegratedConfigurationEditor.aspx

Άλλο ένα σχετικό άρθρο μπορείτε να βρείτε εδώ
http://msdn.microsoft.com/en-us/library/89211k9b(VS.80).aspx

Στο ASP.NET τουλάχιστον τα πράγματα είναι πολύ απλούστερα καθώς μπορείς να χρησιμοποιήσεις την εντολή asp_netregiis για να κρυπτογραφήσεις ένα ολόκληρο section του web.config σου. Το ASP.NET αποκρυπτογραφεί αυτόματα το section όταν το διαβάζει η εφαρμογή σου. Αν για παράδειγμα το web.config περιέχει το section MySection, η εντολή aspnet_regiis -pef MySection  αρκεί για να κρυπτογραφήσει το MySection και να το αντικαταστήσει με το κρυπτογραφημένο κείμενο.

Γενικά πάντως αντί να χρησιμοποιείς username/password είναι πολύ ασφαλέστερο να χρησιμοποιείς Window authentication για να συνδεθείς σε μία βάση. Έτσι εξαλείφεται εντελώς η ανάγκη να προστατέψεις το password.