Δε θα σου δώσω σαφή απάντηση, διότι δεν είμαι στο pc που έχω το VS. Θα σου πω όπως τα θυμάμαι.
Αφού θα κάνεις ένα setup project στο Visual Studio, θα πας στα Properties και θα βρεις σε ένα σημείο που λέει pre-requisites applications ή κάτι τέτοιο τέλος πάντων. Εκεί θα σου εμφανίσει αυτόματα το Windows Installer που έχεις εγκατεστημένο, όπως επίσης και το Sql Server που έχεις εγκατεστημένο. Αυτά τα δύο θα κάνεις check. Όσο για τη βάση σου, μπορείς να φτιάξεις ένα προγραμματάκι το οποίο θα φτιάχνει τη βάση τους πίνακες κλπ και θα τρέχει μαζί με το setup σου, και σαφώς θα συμπεριλάβεις και αυτό στα pre-requisites (νομίζω ότι γίνεται κι αυτό). Ελπίζω αν δεν είναι σαφής και αρκετά αυτά που σου λέω, να σε βοηθήσει κάποιος άλλος.