Έχει κανείς καμία ιδέα πως μπορώ να καλέσω java classes (bytecode) από GUI που χρησιμοποιεί .ΝΕΤ;

Μήπως είναι καλά να χρησιμοποιήσω web services;

Δεν μπορείς να καλέσεις απευθείας compiled κώδικα ούτε προς τη μία ούτε προς την άλλη πλευρά. Ουσιαστικά αυτό που περιγράφεις, είναι να τρέξει το java bytecode πάνω στο .NET CLR, ή το .NET IL πάνω σε Java VM. Μπορείς όμως να κάνεις compile Java κώδικα με τη J# και να τον χρησιμοποιήσεις από το .ΝΕΤ. Αν θέλεις να κάνεις δύο συστήματα να μιλήσουν η καλύτερη λύση είναι να φτιάξεις ένα web services στο ένα σύστημα το οποίο θα καλείται από το άλλο σύστημα.

Τα .jar αρχεία θα μπορούν να ανοίξουν από το Visual studιο ή θα πρέπει να βρω όλα τα περιεχόμενα το tar και τα φορτώσω ένα ένα;

 Φαντάζομαι θα υπάρχει κάποια λύση.

Για δες αυτό το tool http://msdn2.microsoft.com/en-us/library/y9teabc2(VS.80).aspx αν και πάλι δεν ξέρω κατά πόσο θα σε βοηθήσει.

Επίσης, δες και αυτά τα δύο
http://www.microsoft.com/Downloads/details.aspx?familyid=664B33F5-B8F9-4642-990C-2C45BAB94A0F&displaylang=en
http://www.microsoft.com/downloads/details.aspx?FamilyID=46bea47e-d47f-4349-9b4f-904b0a973174&displaylang=en

(αν και νομίζω ότι για να χρησιμοποιήσεις τα δύο τελευταία χρειάζεσαι τα source αρχεία .java)