Αν το προβλημά σου είναι το ότι η πίνακες στην C πρέπει να έχουν δηλωμένο το μεγεθος τους από πριν, χρησιμοποίησε δείκτες. Είναι το ίδιο
int **arrayPtr = (int **) malloc(rows*sizeof(int));
for(i=0;i < rows;i++)
arrayPtr

= malloc(cols*sizeof(int));
...
arrayPtr[5][7]=15;