Αμα το μονο προγραμμα που θα χρειαζεται να διαβαζει το αρχειa einai .ΝΕΤ, εγω θα χρησημοποιουσα binay serialization με ενα class που θα ειχε nested classes για το header και το body.  Δωσε μια ματια εδω να δεις ποσο ευκολα ειναι να γραφεις binary files απο classes.

http://www.c-sharpcorner.com/UploadFile/bipinjoshi/serializingObjectsinCS11102005234746PM/serializingObjectsinCS.aspx

Ευχομαι να σε βοηθησει,
Kostas