Η δουλειά που θέλεις να κάνεις χωρίζεται σε δυο τμήματα:
1) Να διαβάσεις και να διαχειριστής τα sms τοπικά στην συσκευή.
2) Να μεταφέρεις την πληροφορία στο desktop
Για το 1o πρέπει να γράψεις λίγο κώδικα και να χρησιμοποιήσεις το SMS API. Παραδείγματα εδώ.
Για το 2ο υπάρχουν πολλές λύσεις. Μια θα ήταν να γράψεις ένα interface (μια σειρά από μεθόδους όπως GetMessages, DeleteMessage κλπ.) οι οποίος να είναι προσβάσιμες από το desktop όταν η συσκευή είναι συνδεμένη. Μπορείς να χρησιμοποιήσεις το WCF που είναι διαθέσιμο στο .ΝΕΤ Compact Framework 3.5 για να κάνεις κάτι τέτοιο.
Γενικά προτείνω να επιλέξεις σαν πλατφόρμα σου το .NET CF 3.5 και τα Windows Mobile 6 γιατί έχουν αρκετά βελτιωμένο Managed API (διαχείριση απευθείας με .NET). Φυσικά θα έχεις το μειονέκτημα ότι δεν θα είσαι backward compatible με παλιές συσκευές.
Οι απαντήσεις παρέχονται για συγκεκριμένες ερωτήσεις και χωρίς καμιά εγγύηση. Διαβάστε επίσης τους όρους χρήσης.