Ναι, έχει σχέση η παράμετρος Copy to Output Folder. Βάζοντας την τιμή Copy if newer λες στο visual studio, κατά τη διαδικασία Build, να μεταφέρει την βάση στο output folder (π.χ. Bin\Debug) κάθε φορά που αυτή είναι νεότερη από την βάση που υπάρχει ήδη στο output folder. Και φυσικά όταν κάνεις μια αλλαγή (π.χ. προσθέτεις ένα νέο πεδίο σε ένα πίνακα) ενεργοποιείς αυτό το feature.
Προφανώς έχεις ορίσει το connection string σου ώστε να χρησιμοποιεί την βάση από τον φάκελο [ProjectRoot]\Bin\Debug. Οπότε τα δεδομένα σου μπαίνουν σε αυτή, αλλά αυτή αντικαθίσταται!
Προτείνω να απενεργοποιήσεις την ιδιότητα Copy to Output Folder και να αλλάξεις το connection string σου ώστε να χρησιμοποιεί την βάση από το Project root folder. Μπορείς να ορίσεις και σχετικό path (π.χ. ..\..\mydb.mdf ή κάτι ανάλογο).
Σε αυτές τις περιπτώσεις υπάρχει κι ένα μικρό πρόβλημα αν δουλεύεις ομαδικά και το project σου είναι κάτω από κάποιο source control, αλλά μάλλον δουλεύεις μόνος, οπότε ας μην μπούμε σε λεπτομέρειες.
Οι απαντήσεις παρέχονται για συγκεκριμένες ερωτήσεις και χωρίς καμιά εγγύηση. Διαβάστε επίσης τους όρους χρήσης.