Τελικά το έλυσα το πρόβλημα μου
χρησιμοποιώντας τα application pools, μόνο που χρειάστηκε να κάνω και τα παρακάτω πράγματα :
Έφτιαξα διαφορετικό application pool για την
κάθε web εφαρμογή και όρισα το κάθε application pool να τρέχει με
διαφορετικό account στο οποίο έδωσα δικαιώματα να βλέπει τα αρχεία
του directory που βρίσκετε η συγκεκριμένη εφαρμογή , και μόνο.
Πρόσθεσα τον κάθε χρήστη στο Group IIS_WPG .
Και
πάλι ευχαριστώ πολύ για την βοήθεια ! 
Γιώργος Μαργαρίτης