Από αυτά που αναφέρεις, φαίνεται σαν ο IIS να μήν έχει registered τα asp.net extensions (ήτοι, και τα aspx).
Ο λόγος για τον οποίο εμφανίζεται η σελίδα όταν την τρέχεις μέσα από το visual studio, είναι γιατί το visual studio χρησιμοποιεί τον development web server του (Cassini) ο οποίος ΔΕΝ είναι ο IIS, και προφανώς έχει registered ο,τι χρειάζεται.
Συνήθως τέτοια προβλήματα συμβαίνουν αν στήσεις τον IIS ΜΕΤΑ το .net framework. Εχει γίνει κάτι τέτοιο;
Θα μπορούσες να δοκιμάσεις σε ένα command prompt να τρέξεις την εντολή aspnet_regiis -i, ή ψάξε στο google για αυτή για να δεις πώς μπορείς να τη σετάρεις για την δική σου περίπτωση.
Σωτήρης Φιλιππίδης
DotSee Web Services