Θα πρέπει να ξεκαθαρίσεις καταρχήν ότι μία εφαρμογή η οποία γίνεται deploy με Clickonce δεν παύει να είναι άλλη μία εφαρμογή WinForms. Δεν έχει καμμία σχέση με το web site ή τη σελίδα από την οποία προήλθε και δεν εκτελείται σε αυτή. Συνεπώς η ερώτηση σου μετατρέπεται στο "πως μπορώ να στείλω δεδομένα από μία εφαρμογή Winforms σε ένα web site"?
Αυτό μπορείς να το πετύχεις με διάφορους τρόπους, είτε φτιάχνοντας ένα web service στο site σου το οποίο θα καλείς από την desktop εφαρμογή σου, είτε κάνοντας POST κάποια δεδομένα σε μία σελίδα. Ειδικά όμως για το σενάριο σου θα πρέπει να φροντίσεις η εφαρμογή σου να έχει τα κατάλληλα permissions για να διαβάσει από τον τοπικό σκληρό. Κανονικά οι εφαρμογές που γίνονται deploy μέσω clickonce έχουν πρόσβαση μόνο σε περιορισμένα folders. Δες σχετικά το Accessing Local and Remote Data in ClickOnce Applications. Πέρα από αυτό, μπορείς να βρεις από ποιό URL φορτώθηκε η εφαρμογή σου μέσω του property ApplicationDeployment.ActivationUri.
Παναγιώτης Καναβός, Freelancer
Twitter: http://www.twitter.com/pkanavos