Μπορεί το φυσικό αρχείο να μην υπάρχει αλλά θα έχω αποθηκευμένο το περιεχόμενο αυτών (απόδειξη,υπογραφή,z) στη βάση

Από την ελληνική νομοθεσία ορίζεται ο τρόπος τήρησης των αρχείων Α,B,C της ΕΑΦΔΣΣ (Ειδική Ασφαλής Φορολογική Διάταξη Σήμανσης Στοιχείων) .

Και ο τρόπος που μπορούν να αποθηκευτούν είναι σε μορφή αρχείου απλού κειμένου στον δίσκο ή σε Βάση δεδομένων τύπου SQL Server.

Σε περίπτωση που απλά λειτουργείς τον Φορολογικό μηχανισμό με οδηγό τύπου Α τότε την αποθήκευση την αναλαμβάνει πλήρως ο οδηγός.
Υπάρχουν κάποιοι οδηγοί που  υποστηρίζουν και αποθήκευση σε Βάση δεδομένων.

Σε περίπτωση που θέλεις να αναπτύξεις οδηγό τύπου Β τότε μπορείς να αναλάβεις πλήρως την αποθήκευση των αρχείων σε βάση δεδομένων ή στον δίσκο.

Τώρα αν ο λόγος για αποθήκευση στον SQL server είναι για να κρατήσεις αντίγραφα ασφαλείας, μπορείς απλά να φτιάξεις ένα πρόγραμμα που θα ελέγχει

τον φάκελο για αλλαγές και θα αντιγράφει το νέο αρχείο σε έναν φάκελο δικτύου ως αντίγραφο (και αυτό το έχουν ενσωματωμένο οδηγοί τύπου Α) και μετά

να δημιουργείς ένα συμπιεσμένο αρχείο ας πούμε κάθε μέρα μετά από έκδοση Ζ.

Μου κάνει λιγο εντύπωση ότι μιλάς για αρχεία 100 GB, μία ΕΑΦΔΣΣ έχει μνήμη για περίπού 2000-2500 Ζ,
που σημαίνει ότι μετά από αλλαγή μνήμης ή αντικατάστασης φορολογικού μηχανισμού ο φάκελος αποθήκευσης δεν είναι πλέον ίδιος.
Κάνεις ένα Achive και το βάζεις στην άκρη. Δεν πρόκειται ποτέ να φτάσει σε τέτοιο μέγεθος ένας φάκελος.

πχ. 500 σημάνσεις / ημέρα * 5kb * 2500 μέρες (Ζ)=5,96 gb περίπου.

Για να απαντήσω στο τελευταίο σου Post, αν πρόκειται για πολλές ΕΑΦΔΣΣ , μην το κάνεις σε SQL server, κάνε achive τα αρχεία σβήσε τα μεμονωμένα αρχεία αρκεί να έχεις σωστό archive.

Αν σου γίνει έλεγχος εφορίας πρέπει να έχεις τα αρχεία σε οποιαδίποτε μορφή (Zip, rar, txt).  Δεν έχει σημασία που τα έχεις. Αρκεί να μπορούν να κάνουν επαλήθευση των στοιχείων που εκδόθηκαν και ο SHA-1 αλγόριθμος των αρχείων να ταιριάζει
με αυτό της σήμανσης.

Sql Server 2008 r2 Express Free 10gb limit.

Είναι μόνο ένας από τους λόγους να μην το κάνεις με Sql server, ο δευτερος είναι γιατί να κάνεις κάτι που το κάνει καλύτερα το λειτουργικό σύστημα (Διαχ. αρχείων).

Κάνε archive σε Zip η Rar (κάθε μέρα η κάθε μήνα ) και τα έχεις όλα σε ένα αρχείο :).