Η σύντομη απάντηση είναι ναι. Μπορείς να κάνεις και native και .NET εφαρμογές με την C++. Απλά επιλέγεις τον αντίστοιχο τύπο project. Το ωραίο είναι ότι στις .NET εφαρμογές μπορείς να αναμίξεις πολύ εύκολα native και .NET κώδικα, καθώς και να χρησιμοποιήσεις και τις standard βιβλιοθήκες της C++, όπως την STL. Ενώ σε άλλες γλώσσες πρέπει να γράψεις ένα DllImport για κάθε function που χρειάζεσαι, σε ένα Managed C++ project κάνεις απλά ... #include το κατάλληλο header.

Όσον αφορά τα unmanaged projects, η Visual C++ 2008 είναι ίσως ο πιο standard compliant compiler. Δεν μπορώ να βρω benchmarks γι αυτό και λέω ίσως. Η Visual C++ 2003 ήταν βάση benchmark ο πιο standard compliant compiler της εποχής της.