Θα πρέπει να γίνεις πιο συγκεκριμένος σχετικά με τις περιστάσεις κάτω από τις οποίες θες να πάρεις τις συντεταγμένες.
Για παράδειγμα, το event MouseMove της φόρμας σου δίνει μέσα από τo MouseEventArgs τα properties Χ και Y που είναι οι συντεταγμένες σε pixels από την πάνω αριστερή γωνία της φόρμας. Όμως όταν περάσει ο pointer πάνω από άλλο control τότε δεν τρέχει το event αυτό. Οπότε θα πρέπει να βάλεις για κάθε control και το αντίστοιχο τέτοιο event. Όμως τότε θα έχεις τις συντεταγμένες σε σχέση με την πάνω αριστερή γωνία του control οπότε θα πρέπει να τις ανάγεις σε συντεταγμένες πάνω στη φόρμα, με τη διαφορά ότι μπορεί το control να είναι μέσα σε άλλο control, οπότε ...ουυυφφφ κουράστηκα.
Πάντως το API call δεν σου χρειάζεται. Η φόρμα, όπως και κάθε control έχουν δύο methods τα PointΤοForm (που κάνεις το ίδιο με το API call που βρήκες) και το PointToClient που ίσως σου χρησιμεύσει. Την τρέχουσα θέση μπορείς να την πάρεις από το Cursor.Position.
Vir prudens non contra ventum mingit