Αν και δεν θα βρεις τις απαντήσεις μου πλήρως διαφωτιστικές, θα σε προβληματίσουν λιγάκι, μιας και δεν σου έχει απαντήσει κανείς μέχρι τώρα.
Έχω αρκετό καιρό να χρησιμοποιήσω το Setup Project του VS. Αν θυμάμαι καλά όμως είχε ένα πρόβλημα με το Framework. Δεν μπορούσε να το εγκαταστήσει, μιας και το χρειαζότανε για να τρέξει το ίδιο το Setup Project. Αυτό σίγουρα ίσχυε για το 2003. Για το 2005 δεν ξέρω αν έχουν κάνει κάποια βήματα. Παρ' όλα αυτά διάβασα σε ένα άρθρο το εξής http://msdn2.microsoft.com/en-us/library/k3bxs9z6.aspx Νομίζω είναι αυτό που θέλεις.
Τώρα όσο για τον SQL. Σίγουρα, αν διαβάσεις καλά τα Documentations για Setup Project του VS σίγουρα γίνεται. Δεν γνωρίζω όμως να σου πω συγκεκριμένα πράγματα και πόσο δύσκολο θα είναι να πετύχεις αυτό που θέλεις. Παλιότερα που ασχοληθήκαμε πάλι με ένα παρόμοιο θέμα είχα προτείνει το Inno Setup που είναι και free. Ίσως ένα search στο google να σου έλυνε τις απορίες σου.