Καταρχήν, το ίδιο συμβαίνει για κάθε αναζήτηση που κάνεις; Η σύγκριση στα πεδία χαρακτήρων γίνεται χαρακτήρα προς χαρακτήρα. Ανάλογα με την κατανομή των τιμών, ενδέχεται να σταματάει η σύγκριση στον δεύτερο χαρακτήρα ή στον δέκατο τρίτο. Είναι εύλογο ότι στη δεύτερη περίπτωση χρειάζεται περισσότερος χρόνος για να βγει το αποτέλεσμα αν κάνει 40.000 x 13 συγκρίσεις. Όπως και να έχει, βάλε ένα unique index (νομίζω υποστηρίζονται στον SQL Server CE 2.0) πάνω στα δύο πεδία. Επίσης, μπορείς να έχεις ένα computed column με checksums ώστε να βοηθήσεις την αναζήτηση.
Vir prudens non contra ventum mingit